Året er 2015 og planeten Sierra er under terroristene Xi-Tigers kontroll. Epsilon-Eagle, en fryktinngyvende kriger med en seriøst arsenal sendes for å håndtere situasjonen. Skyt alt som rører seg over 25 veldig korte brett med unike bosser. Spillet lar deg velge tre forskjellige våpen som du tar med deg gjennom hele spillet, og i sann Megaman-ånd er noen av dem sterkere mot enkelte fiender enn andre. Nivåene har også tidsbegrensning.